报告称：虽然近几年来核武器研制进展突飞猛进，但中国若单凭自己核科学家的力量是根本完不成三级跳的，因此，这里必定有美国技术在助威……而台湾出生的 核科学家李文和曾专门到过中国，与中国核科学家进行过研讨与交流，加之他还有“接触、下载和转移绝密情报的便利条件，完全有可能将美国最尖端的核武器技术 资料透露给中国”。这份报告提交到了能源部的前反情报主任诺托拉•特鲁洛克手中，并成为了启动对李文和进一步“侦查”的导火索。
1999年3月，洛斯阿拉莫斯国家实验室在时任美国能源部长理查森的重压下，被迫解雇李文和。解雇通知书上这样写道：“洛斯阿拉莫斯国家实验室立即中 止对你的聘用，特此通知。”与此同时，嗅到“新闻价值”而来的媒体起到了推波助澜的作用。《纽约时报》头版报道称：“中国利用我们的核技术大大推进了核弹 头小型化过程……这个洛斯阿拉莫斯的计算机科学家是个华裔美国人……嫌疑人没有按规定汇报他的香港之行。在香港……(联调局)发现这个科学家从美国运通卡 上取款七百美元的记录。调查人员怀疑他用这些钱买了去上海的机票。”随着解聘消息的传出，各主要报纸、电视台和网站都大篇幅报道了这个“仅次于罗森堡夫妇 的华裔间谍科学家”。李文和回忆道：“一夜之间，我们那条街上就冒出许多新闻记者、电视卫星转播车……他们在我家的园子里践踏……跟我们的邻居搭话：‘你 们知不知道你们的邻居是个间谍？’”
李文和在此时，才意识到问题的严重。他后悔地对女儿李纯宜说：“你是对的，我在接受询问时，应该请个律师。”此前，李文和身上的传统华人基因让他并没 有采纳这个建议。“在此之前，我唯一一次聘请律师是为了立遗嘱。就那么一件很简单的事，就花了我两百美元，我觉得这一点点小事收费实在太高了……在我看 来，律师的工作总是令人倒胃口——在别人倒霉的时候发人家的财。这不像搞科学研究那样堂堂正正——这是我遇到这些麻烦之前的想法。”直至被解聘，并被告知 可能因此获罪后，他才开始意识到自己当时头脑过于简单了。
李纯宜的一个朋友在纽约法学院学法律，帮助她和奥梅尔维尼-迈尔斯法律事务所取得了联系。她给一位名为马克•霍尔舍的律师留言时，几乎哭出声来：“你 看到那些说有人为中国从事间谍活动了吧？那个人是我的父亲，只不过他不是间谍，他是清白的。他需要一位律师。你能帮助我吗？”霍尔舍律师后来说，他之所以 回电，是因为李纯宜的声音非常恳切。他在回电中言简意赅地说：“把电话挂上。如果联调局找你们，告诉他们你们有律师。尽量避免与记者接触。到洛杉矶来找 我。”
在他的办公室里，华裔律师蒂娜•华和霍尔舍律师共同接待了李文和。他们告诉他，事务所还未决定是否接受他的委托。因为事务所中的部分律师亦在为能源部 工作，而这次的对手又是联调局、政府和实验室。好在第二天，霍尔舍律师带来了好消息，事务所允许他担任李文和的律师。不过他亦约定在先，事务所在这件案件 上的投入是很有限的。而且，一旦进入刑事诉讼阶段，事务所将退出代理。因为进行间谍庭审辩护的开销可能高达数百万美元。无论如何，有了律师的帮助，李文和 与政府之间的差距显得不再那么悬殊。
囹圄270天
1999年3月5日，联邦调查局在搜查李文和的办公室时获得了“意外惊喜”。他们发现了一张打印清单，记载着李文和从1989年到1994年期间自机 密计算机上拷贝到非机密计算机的文件记录。他们还在办公室内发现了一些文件备份用的磁带，尽管磁带上已经没有内容，却可以查到利用这些磁带进行文件拷贝的 痕迹。这就是后来起诉书中所称的“李文和共移动和拷贝的15个秘密文件和机密文件”。这一证据的发现，使得事件迅速升级。