李文和回忆道：“现在我们受到了联调局24小时的不间断监视。”联邦调查局向大陪审团提交的案件材料，将焦点集中于李文和下载文件和复制磁带的问题之上，并开始搜查其与大陆或台湾之间的汇款与邮递往来。似乎这个间谍罪的证据链条即将“合龙”。
顶着巨大的政治压力，霍尔舍律师前往华盛顿，与司法部的律师探讨这起案件。为了这次见面，霍尔舍律师准备了一份长达28页的材料，内容是关于从保密计 算机系统中把材料下载到非保密计算机系统的行为可能会导致什么样的起诉。他尽力将公诉方的注意力从间谍犯罪转移至私自下载和拷贝机密文件这项违法行为上 来。他向公诉方说明，联邦调查局不过是想找李文和来作中国核间谍案的替罪羊，但是如果将李文和定罪为间谍罪，势必会引起对其他类似事例的调查，并追究整个 军方安全系统方面的责任。这次会谈相当程度上影响了最终案件的走向。
1999年12月10日，联邦调查局决定逮捕并起诉李文和。李文和回忆起当时的场景时说：“我正在切菜准备做午饭。他们(律师们)接到联调局一个电 话，说他们的特工已经出发，要到洛斯阿拉莫斯来逮捕我，15分钟之后就会到我家……几个月来，我的律师一直在谈我可能遭到起诉的事，可是我却没有意识到我 会被逮捕，被取指纹，被拍照，被戴手铐然后被关进监狱——完全是对待罪犯的办法……到下午3点30分的时候，押解人员把我从牢房带进一部电梯，然后从后门 进入法庭。在进去之前，他们取下了我的手铐。这很快就成为我的家常便饭——戴上和取下手铐和脚镣，显然司法部不想让记者和公众看到我戴着手铐和脚镣的样 子。”
法庭审判期间，李文和被关押在康奈尔教化所。他回忆道：“我被带进一个小牢间，只有牢门上有一扇小窗。他们给我戴上手铐和脚镣。只让我留下两件内衣， 把其他东西都拿走了……已经快晚上9点了，我实在饥饿难忍。我的家人还不知道我在什么地方……我获准打了进监狱当晚的第一个电话……此后一个月，他们再也 没有允许我跟家人通过电话。”
此时霍尔舍律师面临着他执业以来最艰难的抉择。是根据事先与李文和签订的合同，退出这件麻烦棘手的案件，还是继续下去，与能源部和联邦调查局对抗到 底。律师事务所专门召开了一次管理委员会会议商讨此事。这场官司的费用将会高达上百万美元，而李文和的经济状况很可能承担不起。而且事务所的有些律师同时 还是能源部的代理律师，李文和案无疑可能会对未来的业务产生影响。
霍尔舍律师和他的搭档丹•布津律师在这次会议上展现出了非凡的勇气和决断。他们向诉讼部主任说道，帮助一个处于困境的人，是一个律师能做到的最好的事 情。而且，奥梅尔维尼-迈尔斯律师事务所一直有一个传统，那就是优先代表那些需要律师帮助的人。管理委员会的委员们商议了很久，最终同意了霍尔舍律师继续 免费代理李文和案的请求。当他把这个消息带给李文和时，故作轻松地说，“未来你要烧顿饭或带我去钓钓鱼来感谢我”。然而管理委员会并不这么轻松，他们要求 霍尔舍律师论证他将如何在极为不利的情况下，尽可能打赢这场官司，并且明确地告知他，如果诉讼失利，将会在很大程度上影响管理委员会对他的判断。这场赌上 了律师生涯前途的斗争，将继续到底。而此时，李文和已经在教化所里关押了9个月，整整270天。
罕见的法官道歉
案件的转机出现在2000年3月。霍尔舍律师查阅了无数文件后，有了一个重大发现。在李文和非法下载“机密”代码的1993年和1994年，这批文件 仅仅是内部资料，还未确定密级。它们被改成机密文件和秘密文件的时间，是1999年4月——当时，李文和已经被解聘一个多月了。在洛斯阿拉莫斯国家实验室 的文件密级分类中，“内部资料”指的是一种非机密数据，科学家在使用它们时，无需将其锁进保险柜，也无需将其保存在保密计算机中。
这一发现直接动摇了起诉书的基础，也使公诉方感到受挫。与此同时，一些亚裔法律组织和人权组织开始发出自己的声音。2000年6月8日，旧金山的亚裔 法律协调会、华人促进会、华美协会、日裔美国公司全国委员会以及其他一些组织发起了“全国愤怒日”活动。亚裔组织认为，李文和案背后存在着严重的种族歧 视。